Als bekend is welke ziekteverwekker de hersenontsteking veroorzaakt, krijg je ontstekingsremmende medicijnen toegediend. Bij een hersenontsteking door een bacterie ontvang je antibiotica, bij een schimmel schimmeldodende medicijnen.
Als het koortslipvirus de hersenontsteking veroorzaakt, dan ontvang je een antivirusmedicijn genaamd Aciclovir. Voor andere virussen is er geen specifiek medicijn, maar wordt er vaak prednison of dexamethason toegediend. Deze medicatie remt verschillende ontstekingen. Tegen tropische virussen kun je preventief worden ingeënt voor je op reis gaat.
Lichtere vormen van hersenontsteking gaan vanzelf over en hier houd je meestal geen klachten aan over. Ernstige encefalitis kan onbehandeld binnen enkele uren tot de dood leiden. De meeste mensen herstellen volledig, ook na behandeling bij een hevige hersenontsteking. In sommige gevallen houd je echter een blijvende hersenbeschadiging. Soms is het daarom nodig om te revalideren na een hersenontsteking