Op het moment van ontdekking is het onduidelijk of de poliepen in je darm goedaardig of kwaadaardig zijn. Daarom zal de behandeling in de regel bestaan uit het verwijderen van de darmpoliepen door middel van endoscopie. Dit houdt in dat ze met een dunne flexibele slang in de darmen gaan. Het verwijderen van poliepen wordt ook wel een poliepectomie genoemd.
Afhankelijk van de hoeveelheid en omvang van de poliepen kan er na de behandeling herhaaldelijk controle onderzoek plaatsvinden, waarin er wordt gekeken of de poliepen weg blijven. Als de poliepen te groot zijn of in de darmwand zijn gegroeid moeten ze operatief verwijderd worden.