Een invaginatie is een aandoening aan het spijsverteringsstelsel en dan wel van de darm. Bij een invaginatie schuift een deel van de darm in het daaropvolgende deel van de darm. Meestal gebeurt dit bij de overgang van de dunne darm naar de dikke darm. Hierdoor ontstaat er een darmafsluiting (ileus), waardoor het transport van het voedsel door de darm ernstig wordt belemmerd. Ook de bloedtoevoer van de darm wordt afgekneld, waardoor het ingestulpte deel van de darm kan afsterven als de invaginatie niet op tijd herstelt. Dit kan de dood als gevolg hebben.