De penis van de man heeft twee functies: als geslachtsorgaan en als transportorgaan voor urine. Er bestaan aangeboren afwijkingen waarbij de penis niet goed of geheel niet is aangelegd.
Hypospadie
Een van de meest voorkomende aangeboren afwijkingen aan de penis is hypospadie. Hierbij komt de plasbuis niet uit aan de top van de penis, maar aan de onderkant van de eikel of zelfs halverwege de penis of in het scrotum (de balzak). De penis krijgt hierdoor een kromming. Soms is hierdoor bij de geboorte in eerste instantie niet duidelijk of het om een jongen of een meisje gaat. De afwijking wordt meestal operatief verholpen als het jongetje ongeveer een jaar oud is.
Kleine penis
Ook kan de penis door ontwikkelingsstoornissen in groei achterblijven en daardoor een kleinere grootte hebben. In de regel lijdt een kleine penis niet tot problemen. Gevoelsmatig baart deze 'klacht' soms wel zorgen. Raadpleeg in dat geval de huisarts.