Het belangrijkste symptoom van lipoedeem is de ongelijkmatige verdeling van vet over het lichaam. Deze vetophopingen leiden tot onevenredig dikke bovenbenen, onderbenen, knieën, heupen, billen of armen. Het vetweefsel is onregelmatig verdeeld, maar zit wel symmetrisch aan beide kanten van het lichaam. Vrouwen met lipoedeem klagen vaak over blubberbenen, zwabberbenen of wiebelbenen. Afvallen zorgt niet of nauwelijks voor vermindering van de symptomen. Het vet verdwijnt wel op andere plaatsen in het lichaam, maar de vetophopingen op de benen, armen, heupen en billen blijven aanwezig. Kenmerkend daarbij is een slanke taille.
Opvallend is dat de vetafzettingen vaak plotseling ophouden. Bij lipoedeem in de onderbenen zit er vlak boven de enkels een duidelijke grens. De onderbenen zien er opgezwollen uit, terwijl de enkels en voeten geen last hebben van vetophoping. Het lijkt daardoor alsof er boeien rond de enkels hebben gezeten. Bij lipoedeem in de onderarmen geldt hetzelfde voor de polsen en de handen. Bij dikke bovenbenen kan een vergelijkbare begrenzing zichtbaar zijn boven de knieën. Bij lipoedeem in de bovenarmen zit de grens boven de ellebogen.