Als je parodontitis hebt, zal de tandarts vóór de behandeling eerst proberen alle problemen goed in kaart te brengen. Vervolgens zal er een uitgebreide reiniging van je tanden en kiezen plaatsvinden. Na enkele reinigingen kan herbeoordeling plaatsvinden. De tandarts controleert opnieuw het gehele gebit. Als de problemen opgelost zijn, word je aangeraden om voortaan regelmatig naar de tandarts of mondhygiëniste te gaan.
Als de parodontitis nog steeds aanwezig is, kan besloten worden om nog enkele malen te reinigen, of over te gaan op een zogenaamde flapoperatie. Bij een flapoperatie wordt het tandvlees tijdens een operatie opzij geschoven. Vervolgens kan ontstoken weefsel verwijderd worden en kunnen de ondergelegen probleemgebieden grondig gereinigd worden. Als het kaakbot aangetast is, kan de rand van het kaakbot gladgemaakt worden waarna het tandvlees teruggelegd en vastgehecht wordt.