Een hoornvliesontsteking kan op verschillende manieren ontstaan. Eén oorzaak is verwonding door een voorwerp, dit is bijvoorbeeld het geval bij een tak in het oog of vingers van een baby die plotseling naar je oog grijpen. Daarnaast kunnen ontstekingen in het oog ontstaan door een parasiet, gist, bacterie of virus. Als het oog is beschadigd, leidt een bacterie soms tot een zweertje op het hoornvlies. Het herpesvirus is een beruchte oorzaak. Dit veroorzaakt een chronische oogontsteking die tot blijvend gezichtsverlies kan leiden.
Verder is het oog erg gevoelig voor ultraviolette (UV) straling. Uv-straling beschadigt de buitenste cellaag van het hoornvlies. Chemische stoffen, zoals zuren en schoonmaakmiddelen beschadigen het oog ook. Een vuiltje op het hoornvlies (vaak door slijp- of schuurwerkzaamheden) kan hevig irriteren en veroorzaakt snel een rood, tranend, lichtschuw oog.
Ook contactlenzen die niet schoon zijn kunnen een hoornvliesontsteking veroorzaken. Mensen die harde lenzen dragen krijgen soms kleine beschadigingen op het hoornvlies. Deze kunnen infecteren. Ook als lenzen niet goed worden bewaard kan een bacterie, parasiet of gist in het lenzenbakje komen die dan op de lens terecht komt.