Essentieel voor de behandeling is dat de ziekte op tijd ontdekt wordt. Dat wil zeggen als het kind vier tot zes weken oud is. Als de diagnose later gesteld wordt, is de kans op complicaties groter.
De enige behandelmethode voor galgangatresie is een buikoperatie. Via een kijkoperatie onderzoekt de arts eerst of de galwegen geheel ontbreken, of dat er gedeeltes van zijn aangelegd. In het eerste geval is er geen oplossing mogelijk. Maar als er maar een stukje galgang is, kan deze kunstmatig verlengd worden. Deze ingreep noemt men een end-to-end operatie of shunt: het resterende stuk galweg in de lever wordt verbonden aan de dunne darm. Het is een zware operatie en deze lukt nog maar bij 1 op de 5 baby's. Ook na een succesvolle operatie is er nog kans op complicaties.
Als de diagnose op tijd gesteld wordt, is behandeling mogelijk. Zonder behandeling kunnen kinderen met galgangatresie niet ouder worden dan ongeveer anderhalf jaar.
