De behandeling van encefalopathie wordt bepaald op basis van de vorm. Sommige soorten encefalopathie kunnen niet worden genezen, maar klachten kunnen in sommige gevallen worden verlicht door medicatie. Welke medicatie nodig is, hangt af van de vorm van encefalopathie. In de eerste instantie wordt de behandeling uitgevoerd door de internist of neuroloog.
Wanneer er sprake is van een bewegingsstoornis kan fysiotherapie een uitkomst bieden.