Er bestaat nog geen therapie om cystenieren te genezen of te voorkomen. Bij diagnose van cystenieren lukt het (nog) niet om de ontwikkeling van de ziekte te vertragen. Daarom bestaat de behandeling uit het verlichten van de klachten veroorzaakt door de cystenieren.
Dit kan door een cyste operatief te verwijderen of door het laten weglopen van vocht uit de cyste met een slangetje (drain). Deze methoden genezen de ziekte niet, maar verlichten bijvoorbeeld de pijnklachten veroorzaakt door een sterk vergrote cyste. Er kunnen namelijk opnieuw cysten ontstaan na een operatie. Een dieet of medicijnen kunnen helpen om de bloeddruk omlaag te brengen.