Boezemfladderen is geen levensbedreigende aandoening, maar moet wel worden behandeld. Het hartritme kan worden hersteld met behulp van elektroversie of medicijnen. Elektroversie kan alleen worden toegepast nadat het risico op een stolsel is geminimalisserd mits toediening van antistollingstherapie. Hierbij worden een of meerdere elektrische schokken gegeven, die vaak het normale hartritme herstellen. Dit gebeurt onder lichte narcose. In ernstige gevallen waarbij het fladderen aanvaard wordt, kunnen medicijnen gegeven worden die de hartslag vertragen en de pompwerking bevorderen, zoals bèta-blokkers, calcium-antagonisten. Ook kan ablatie toegepast worden, waarbij kleine littekentjes in de binnenwand van het hart gemaakt worden op de plaats waar de hartritmestoornis ontstaat. De littekentjes beïnvloeden de elektrische prikkels van het hart.
Meestal worden bij patiënten met boezemfladderen chronisch antistollingsmiddelen (bloedverdunners) voorgeschreven, om bloedstolsels te voorkomen.
