Om automutilatie te kunnen behandelen moet de achterliggende oorzaak worden opgespoord. Dit kan met behulp van psychotherapie. Afhankelijk van de oorzaak en ernst kunnen hiernaast verschillende medicijnen worden voorgeschreven, zoals antidepressiva (SSRI), antipsychotica en stemmingsstabilisatoren. Als patiënten geen pijn ervaren bij de zelfverwonding kan het medicijn naltrexon worden voorgeschreven. Hiermee wordt de “beloningsrespons” van endorfine geblokkeerd.