De behandeling van metabole acidose richt zich vooral op de onderliggende oorzaak. Als de metabole acidose bijvoorbeeld veroorzaakt wordt door diabetes mellitus type 1 (ook wel diabetische keto-acidose genoemd) zal in eerste instantie het tekort aan insuline in je lichaam hersteld moeten worden.
Hetzelfde geldt voor respiratoire acidose. Hierbij worden vaak geneesmiddelen gegeven voor een betere longfunctie. In ernstige gevallen is kunstmatige beademing nodig.