Hartontsteking (endocarditis) wordt meestal veroorzaakt door bacteriën (Streptococcus) die op het binnenoppervlak of de kleppen van het hart groeien, vooral op plaatsen die kleine oneffenheden vertonen ten gevolge van hartafwijkingen. Daarnaast bestaat ook een niet infectieuze vorm van endocarditis bij patiënten met een kunstklep, waarbij bloedstolsels ontstaan op beschadigde hartkleppen. Kleine stolseltjes kunnen van deze groeiplaatsen losraken en zich via de bloedsomloop verspreiden.