De menstruatiecyclus start op de eerste dag van de menstruatie en bestaat uit twee fases. Tijdens de eerste fase zorgen allerlei hormonen ervoor dat er in de eierstokken een eicel rijpt en dat de baarmoeder zich klaarmaakt voor de eventuele innesteling van een eicel. De tweede fase begint bij de eisprong. Na de eisprong wordt de eicel opgenomen in de eileiders en leeft daar ongeveer 24 uur, tenzij er een bevruchting plaatsvindt. Bevruchting vindt plaats als de eicel samensmelt met de spermacel. Als deze bevruchting niet plaatsvindt, ruimt de baarmoeder zichzelf op en menstrueert de vrouw. De morning after pil stelt deze eisprong uit, waardoor het sperma geen eicel kan bevruchten. Dit werkt dus precies hetzelfde als met de gewone anticonceptiepil die ook de eisprong verhinderen.