Daarnaast kan er ook een medische noodzaak voor abortus zijn. Bijvoorbeeld als de geestelijke of fysieke gezondheid van de moeder gevaar loopt. Hierbij kun je denken aan een buitenbaarmoederlijke zwangerschap.
Ook als bij het kindje ernstige afwijkingen zijn geconstateerd die de levenskwaliteit kunnen beïnvloeden, kan abortus worden overwogen. Hierbij kun je denken aan een open ruggetje of de erfelijke immuunziekte SCID (Severe Combined Immune Deficiency).
Verder kan een abortus noodzakelijk zijn bij een zwangerschap van een meerling. Een complicatie die dan kan optreden is dat de meerling één placenta deelt. Hierdoor kan het zijn dat het ene kindje te weinig bloed krijgt, terwijl de anderen juist te veel krijgen. Dit kan tot allerlei levensbedreigende complicaties leiden. Door één of meerdere kinderen te aborteren kan/kunnen de overlevingskansen van de ander(en) vergroot worden.