De behandeling van het botgezwel is afhankelijk van of deze goed- of kwaadaardig is. Als de tumor goedaardig blijkt te zijn is de behandeling afhankelijk van hoeveel last het veroorzaakt. Veroorzaakt het botgezwel niet veel pijn dan worden er geen vervolgstappen gemaakt. Het gezwel moet wel in de gaten gehouden worden aangezien goedaardige gezwellen kunnen uitgroeien tot kwaadaardige gezwellen.
Indien het botgezwel wel veel pijn geeft of het de bewegingsvrijheid belemmert, wordt deze doorgaans operatief verwijderd. Verder speelt de grote van de tumor ook een rol bij de beslissing of een operatie noodzakelijk is. Dit om de kans op het ontwikkelen van een eventueel kwaadaardige tumor zo klein mogelijk te houden.