Tot nu toe zijn er weinig behandelingsopties voor misofonie. Het Academisch Medisch Centrum (AMC) in Amsterdam is wereldwijd het enige instituut waar het mogelijk is om een diagnose te laten stellen en een behandeling te ondergaan. Deze behandeling bestaat uit een combinatie van cognitieve gedragstherapie en psychomotorische therapie.
Deze behandeling van misofonie is erop gericht om de bestaande associaties (reflex) met het geluid te vervangen door positievere gevoelens. Daarnaast worden vaardigheden aangeleerd via ontspanningstraining en aandachtstraining om met misofonie om te leren gaan.