Bij de behandeling van appelallergie staat preventie voorop. Dat betekent dat je geen rauwe appels meer moet eten. Verhitten van de appel is voldoende om het allergeen onschadelijk te maken. Wanneer je een heel lichte vorm van appelallergie hebt, is het verstandig om toch regelmatig een klein stukje appel te eten. Zo kun je misschien de appelallergie ontgroeien.
Er zijn een twee soorten appels op de markt, die bij mensen met een milde appelallergie, geen allergische reactie veroorzaken. Dit zijn de Santana appel en de Elise appel. Om te kijken of je deze appels wel kunt verdragen moet je eerst een klein stukje proberen. Wanneer je hier geen klachten van ervaart, kun je nog een stuk eten om te kijken of het ook bij een grotere hoeveelheid goed gaat. Als je de Santana appel verdraagt, betekent dit niet dat je ook de Elise appel verdraagt. Beide moeten apart worden uitgeprobeerd.
Appelallergie wordt vaak veroorzaakt door een kruisreactie tussen appels en sommige pollen. Hierdoor kan het zijn dat je alleen symptomen van appelallergie ervaart, wanneer je ook last hebt van hooikoorts. In andere seizoenen, wanneer je geen hooikoorts klachten hebt, kun je wel een appel eten zonder dat je ergens last van hebt.