De exacte samenstelling van de darmflora verschilt per persoon en kan van moment tot moment anders zijn. Het is een zeer dynamisch en complex proces. Hoe zijn al die bacteriën daar eigenlijk gekomen?
De opbouw van de darmflora begint tijdens onze geboorte. Tijdens en na de bevalling komt de baby voor het eerst in aanraking met bacteriën. Dit gebeurt omdat een pasgeborene nog weinig maagzuur heeft en het immuunsysteem nog in ontwikkeling is. De volgorde waarin de verschillende bacteriesoorten binnenkomen, gebeurt altijd volgens een vast patroon. De eerste bacteriën die in de darmen van de baby aankomen, gebruiken zuurstof. Zoals E. coli's en een tijdje later de lactobacillen bijvoorbeeld. Lactobacillen kunnen zowel mét als zonder zuurstof overleven.Verderop in het maagdarmkanaal is steeds minder zuurstof beschikbaar. Daar leven de bacteriën die juist weer goed zonder zuurstof kunnen, de anaërobe bacteriën. In de dikke darm zitten bijvoorbeeld veel bifidobacteriën en die kunnen niet tegen zuurstof.
De pasgeborene komt steeds vaker in aanraking met andere bacteriën en zo ontwikkelt de darmflora zich steeds verder in het eerste levensjaar. Er komt de eerste dagen en weken een steeds grotere variatie van bacteriën binnen. Toch krijgen niet alle soorten de kans om te blijven want ze moeten allemaal vechten om een plaats op de darmwand en om voedingsstoffen. Ook komen overal ter wereld verschillende bacteriesoorten voor en is het eten weer anders. Vandaar dat de samenstelling van de darmflora bij ieder mens door verschillende factoren anders is.