De behandeling van de ziekte van Crohn bestaat veelal uit medicijnen die ervoor moeten zorgen dat patiënten met een minimum aan bijwerkingen een zo normaal mogelijk leven kunnen leiden. Wanneer noodzakelijk zullen patiënten pijnstillers, anti-diarreemiddelen, vitamines (vooral B12), foliumzuur en ijzer gebruiken. Daarnaast worden er medicijnen voorgeschreven die werken tegen de ontstekingen.
Het kan enige tijd duren voordat de diagnose ziekte van Crohn gesteld wordt. In de meeste gevallen zal je huisarts je doorverwijzen naar een specialist in het ziekenhuis. Hij of zij zal voor langere periode betrokken zijn bij de behandeling van jouw crohn. Goed contact met je behandelaar(s) is belangrijk omdat je dan tot de meest effectieve behandeling komt.