De behandeling van een waterhoofd is gericht op het verminderen van het vocht in de hersenen om zo (verdere) hersenbeschadiging te voorkomen. Indien een waterhoofd niet wordt behandeld is de kans dat de persoon overlijdt ongeveer 60 procent.
De behandeling van een waterhoofd hangt af van de oorzaak. Indien het waterhoofd is veroorzaakt door een tumor dan wordt deze middels een operatie verwijderd. Bij een vernauwing van het gangetje tussen de derde en vierde hersenkamer, is een operatie nodig waarbij dit gangetje wordt verwijderd.
Om het hersenvocht af te voeren wordt vaak een drain aangelegd. Een drain is een slangetje en kan extern of intern zijn. Een interne drain voert het vocht af naar het hart of naar de buikholte, waar het vervolgens door het lichaam zelf wordt afgevoerd. Een externe drain voert het vocht af naar een reservoir buiten het lichaam.