Als een bepaalde aandoening de katatonie veroorzaakt, behandelt de arts deze eerst. Soms is dit voldoende om de katatonie te genezen. Wanneer dit niet voldoende is kan de arts medicatie toedienen. Veelgebruikte medicatie bij katatonie zijn benzodiazepinen. Normaal worden deze voorgeschreven als slaapmedicatie, maar bij katatonie helpt het iemand juist om uit de katatone toestand te komen. Wanneer medicatie binnen een paar dagen geen verbetering oplevert biedt ECT (elektroconvulsietherapie) een uitkomst. Deze therapie werkt vaak snel en effectief. Meestal zijn enkele behandelingen voldoende, maar bij sommige mensen is herhaling noodzakelijk.