De behandeling van vetdiarree is afhankelijk van de oorzaak. Omdat vetdiarree meestal het gevolg is van een andere aandoening, bestaat behandeling doorgaans uit het behandelen van de achterliggende aandoening. Zo zal bij de behandeling van galstenen de vetdiarree ook verdwijnen.
Indien er geen direct aanwijsbare oorzaak is voor vetdiarree, maar klachten toch aanhouden dan kan een diëtist wellicht verder helpen. Samen met een diëtist bepaal je dan welke voeding je het best wel of juist niet kunt eten om vetdiarree te voorkomen.
Ook na de diagnose lactose-intolerantie of coeliakie kan een diëtist verder helpen bij het opstellen van een voedingsschema waardoor klachten afnemen.
Het algemene advies geldt altijd: eet gezond, vezelrijk en gevarieerd.