Wanneer de arts vermoedt dat er sprake is van septische artritis, schrijft deze meteen een antibioticum voor, nog voordat de onderzoeksresultaten uit het laboratorium bekend zijn. Wanneer septische artritis niet op tijd behandeld wordt, treedt namelijk al binnen enkele dagen onherstelbare schade op, zoals functievermindering en verlies van beweeglijkheid. Allereerst krijg je een antibioticum dat de meest waarschijnlijke veroorzakers van septische artritis doodt. Via een infuus krijg je een startdosis van het antibioticum toegediend. Hierna slik je nog een tijdje antibioticapillen. Soms is er nog een ander antibioticum nodig op basis van de uitslag van het diagnostisch onderzoek.
Antibiotica heeft geen zin bij schimmel- of virusinfectie
Infecties veroorzaakt door schimmels worden behandeld met een schimmeldodend middel. Virusinfecties genezen vanzelf, antibiotica hebben dan geen zin.