De behandeling van een nieronsteking hangt af van de soort ontsteking en de oorzaak van de ontsteking. Als een infectie op een andere plaats in het lichaam de oorzaak is, moet deze behandeld worden. Door bloed- en urineonderzoek zal onderzocht worden hoe ernstig de ontsteking is. Men kan zien hoe goed je nieren nog functioneren.
Bij glomerulonefritis door een onbekende oorzaak kun je van de arts onstekingsremmers krijgen.
Als je een hoge bloeddruk hebt, krijg je middelen om je bloeddruk te verlagen. Houd je vocht vast en werken de nieren slecht dan krijg je vaak ook plasmiddelen.
Om vast te kunnen stellen of je interstitiële nefritis hebt, wordt er onder verdoving een stukje nierweefsel afgenomen (een nierbiopt) voor onderzoek.
Als je overgevoelig bent voor medicijnen, mag je deze niet meer gebruiken. Is de oorzaak een ontsteking dan kan deze bestreden worden met ontstekingsremmers. Is een auto-immuunziekte de oorzaak, dan wordt deze behandeld.
De behandeling bij een nierbekkenontsteking is altijd antibiotica.