Het fragiele X-syndroom is niet te genezen, omdat de afwijking in het DNA onherstelbaar is. De behandeling bestaat daarom uit het zo goed mogelijk begeleiden van kinderen met deze aandoening. Ondersteuning met logopedie, taaltraining en bezigheidstherapie helpt hun mogelijkheden optimaal te benutten. Ook hebben mensen met het fragiele X-syndroom baat bij structuur en voorspelbaarheid. Soms helpt medicatie om beter te functioneren, zoals antidepressiva, angstremmende middelen en stimulerende middelen.