De behandeling van dysenterie bestaat meestal uit het toedienen van antibiotica. Toch zal je arts de medicijnen niet altijd voorschrijven. Sommige Shigella bacteriën zijn in het verleden namelijk behandeld met antibiotica en vervolgens resistent geworden. Dit betekent dat je de bacteriën niet langer kunt bestrijden met de antibiotica. Om te voorkomen dat alle bacteriën resistent worden, kan je arts bij een relatief onschuldige besmetting besluiten om je geen antibiotica te geven. Je lichaam zal de bacterie zelf moeten afweren. Dit kan je lichaam prima zelf. Als de symptomen ernstiger en gevaarlijker worden, kan je arts alsnog antibiotica voorschrijven.