De behandeling van botulisme moet zo snel mogelijk na besmetting te starten. Zonder behandeling heeft 50% van de gevallen een dodelijke afloop als gevolg van verlamming van de ademhalingsspieren. De behandeling bestaat uit het toedienen van een antiserum (antitoxine). Een klinische diagnose en huidtest moeten uitwijzen of deze behandeling gestart kan worden. Dit kan indien nodig worden aangevuld met een intensive care behandeling, bestaande uit kunstmatige ademhaling en een ondersteunend vocht- en voedingsbeleid. De behandeling gaat door totdat de ziekteverschijnselen zijn verdwenen. Een verlamming als het gevolg van botulisme kan enige tijd aanhouden, variërend van enkele weken tot enkele maanden.