De oorzaak van BPPD is een stoornis van het evenwichtsorgaan, dat zich bevindt in het binnenoor. In het evenwichtsorgaan zijn kristallen aanwezig. Als je last hebt van BPPD zijn deze kristallen losgeraakt en zweven ze vrij rond. Wanneer je hoofd snel van positie verandert, slaan de kristallen neer op de zintuigcellen van je evenwichtsorgaan. Hierdoor worden de zintuigcellen overmatig geprikkeld, waardoor Benigne Paroxysmale Positie Duizeligheid ontstaat.
In de meeste gevallen is er geen oorzaak voor het loslaten van de kristallen aan te wijzen. Sommige oorzaken van BPPD zijn wel aantoonbaar. Bij mensen jonger dan vijftig jaar is de oorzaak vaak een hoofdongeval of een ontsteking (zoals griep of een oorontsteking). Bij mensen ouder dan vijftig jaar zijn mogelijke oorzaken van Benigne Paroxysmale Positie Duizeligheid een doorbloedingsstoornis van het binnenoor, slijtage of langdurige bedrust.