Er bestaat nog geen medicijn dat bij iedere IC-patiënt effect heeft. De behandeling is vooral gericht op het verminderen van de klachten. Hiervoor kan o.a. gebruik gemaakt worden van blaasspoelingen, pijnstilling, sommige antidepressiva (deze zorgen ervoor dat de patiënt de pijn minder waarneemt), lasertherapie en neuro-stimulatie. Ook is gebleken dat het oprekken van de blaas tijdelijk een gunstig effect kan hebben.
Bij een vergevorderd stadium van IC kan de blaas schrompelen, hierdoor wordt de capaciteit steeds minder en nemen de klachten toe. Als er een schrompelblaas is ontstaan kan er een blaasvervangende operatie worden uitgevoerd. De patiënt krijgt dan een urostoma.